Popartでハプロタイプネットワークを作成する方法
Popartで、ハプロタイプネットワークの作成方法
Popartでハプロタイプネットワークの作り方
Download – University of Otago PopartでPopartをダウンロード
元論文は
Leigh JW, Bryant D. 2015. POPART: full-feature software for haplotype network construction. Methods Ecol Evol. 6(9):1110-1116.
1, DnaSPでnexusファイルを作成
DnaSPはDnaSP (ub.edu)からダウンロードできる。メールアドレスとか名前とか所属を入れないとダウンロードできないみたい
"File"で"Option for Saving (NEXUS Format...)"を選択し、Symbolsの中のUse Matching Symbolの左隣のチェックマークを外す。（これで、ハプロタイプの同じ配列がどっとで表されなくなる）
DnaSPで"File"から"Open deta file"でfastaファイルを開いて、"Generate"で"Haplotype deta File..."でハプロタイプを調べる。
保存はどうするか聞かれるので、ファイル名を決めて保存する。
2, nexusファイルに以下の行列を書き込む
BEGIN TRAITS;
Dimensions NTRAITS=4;
Format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels name1 name2 name3 name4;
Matrix
Hap_1 1 , 0 , 0 , 0
Hap_2 4 , 7 , 6 , 7
Hap_3 1 , 0 , 0 , 0
Hap_4 1 , 2 , 0 , 0
;
END;
赤文字の部分を自分に合ったデータに変更すれば良い
3, Popartで開く
NEXUSファイルがアルファベットのフォルダに保存されていないと開けない。
例）〇
home
↳document
↳Popart
↳NEXUSファイル
×
home
↳document
↳NEXUSファイル
4, network→minimum spinning Networkを選択
5, 0で設定しOK
6, 完成
ここ自分でど忘れしそうだなって思ったら、また追記します！
（カズレーザーと学ぶより）ザクロとライ麦が、長生きや若返りの秘訣！【備忘録】
追記：1/22に更新しました！
1月17日、日本テレビのカズレーザーと学ぶという番組で、サーチュイン遺伝子がとりあげられていました。
気になったのでサーチュイン遺伝子について詳しく調べて備忘録的に残します。
今後、ザクロとライ麦を摂取するときに参考にしたい。
私は今後若さを維持したいので(笑)、、、
サーチュインは遺伝子ファミリーで、7つに分けられるそうです。
遺伝子ファミリーとは、起源を遡ると元は一つの遺伝子と考えられる遺伝子のこと。 Gene family - Wikipedia
論文を調べていると、サーチュイン遺伝子はSIRTと書かれていることが多いですね。
サーチュイン（Sirtuin）の頭四文字を取ってSIRTですね。
サーチュイン遺伝子の働き
SIRT１、２、３、５はなんか、脱アセチル化の触媒になるらしい
（Milne, J. C., & Denu, J. M. (2008). The Sirtuin family: therapeutic targets to treat diseases of aging. Current opinion in chemical biology, 12(1), 11-17.）
↓これがアセチル基
おそらくテレビでアセチル化に関わると言っていたので、ここの働きに影響があるのかなと思ったんですけど、違うみたいで、次のSIRT６らしいです。
SIRT４，６はADPリボース化の触媒になるらしい
（Milne, J. C., & Denu, J. M. (2008). The Sirtuin family: therapeutic targets to treat diseases of aging. Current opinion in chemical biology, 12(1), 11-17.）
下でも載せてるプレスリリースの20210716.pdf (daicel.com)の内容には、SIRT６にはDNA二本鎖切断の修復や毛包幹細胞老化抑制など、抗老化作用に関わっているみたいです。
サーチュイン遺伝子にプラスになる食べ物
ここが本題！
SIRTに効果ある食べ物が、ザクロとライ麦
ザクロは、SIRTの発現量を増加する作用があります。
この研究が九州大学の片倉吉範教授によって調べられていました。
まだ、論文にはまとめられていないみたい？です
（調べても出てきませんでした。）
しかも、この研究共同研究でやっているんですねΣ（・□・；）。今後の研究の発展が楽しみです。
私個人的な意見ですが、この結果は細胞に直接ザクロを振りかけて得た結果っぽいので、必ずしもザクロを食べればサーチュイン遺伝子の発言量が増えるわけじゃないと思います。でも私は食べます…！
でもう一つはライ麦ですね
まず、テレビでも唐突に出てきたこの文字、”アルキルレゾルシノール”についてです。
テレビにも出ていましたが、ライ麦だけでなく、小麦にも含まれているそうです。
さらに、産総研でのマウスの研究によると高カロリーな食べ物を摂取しても、体重増加の抑制、中性脂肪や血糖値上昇の抑制にも効果があるみたいです。産総研：小麦ポリフェノールの肥満抑制効果 (aist.go.jp)
以下産総研の研究内容の一部を引用
小麦ポリフェノールが高脂肪高ショ糖食摂取による体重の増加を抑制することも分かった。
～中省略～
耐糖能の低下が、小麦ポリフェノールの同時摂取により抑制されていた。
～中省略～
脂質の蓄積が、小麦ポリフェノールの同時摂取により抑制されていることが分かった
（サーチュインだけでなく、健康にもよくてお得感がありますね(笑)）
あ、でもテレビでも言ってましたが、表皮にたくさん含まれているのでそこは注意したいです。
テレビで説明してくださった今井伸二郎教授の研究もすでに論文で発表されているみたいですね。2017年にすでにニュースにもなってる
今井教授の論文 10.1038/srep43679
（後でよく読んでおきたいです）
今後しっかりと食べていきたいです
もっと器の大きい人になりたいな
きょうは、自分が嫌だな、あんまり好きではないな、って人に対しての対応が後々考えたら自分ってちっぽけな人だなっと思ったので、戒めのために残しておく。
研究の解析方法について、どうやってコマンドを入力すればいいのか、インプットファイルが違うときはどうすればいいかについて、質問されました。
だけど、私はその人のことをあんまり勉強していない人と思っているので、あんまり教えたくない気持ちでした。
（こうやって文字にするとほんとしょうもない、器の小さい人だなって思っちゃう...）
なので、その人に対して「自分で調べた？」インプットデータ以外のデータで動くか試してみた？」とちょっと意地悪な答えをしてしまいました。
もっといい対応があっただろうなって思ってます。
嫌な気持ち、嫌いな気持ちはわざわざその人に似せないようにしたい...
とにかく今後こういう対応したくないと思ったので、文章まとまってないな（笑）
駅員さんを責めているDQNを生でみた
先週の金曜日（2022/1/6）は、踏切で結構重大な事故が起きて電車が遅延していました。
2022年1月6日、常磐線の内原→友部間の踏切で軽自動車と電車が衝突する事故が起きました。
これ↓
踏切で何が？電車と衝突した軽自動車360メートル引きずられ大破 2人閉じ込められ救出も死亡確認｜FNNプライムオンライン
その時私は電車を使うため駅にたので、どういう事故か知らなく、運転再開するまで駅で待ってました。
結局、3時間以上駅にいることになってしまいましたけど、、、。
（しかも、結局電車乗らないで家に帰っちゃったし(笑)）
そんな駅で待っている時、みどりの窓口の駅員さんにすんごく怒っている人を見ました。
細かい話は分からないかったのですが、その人はしきりに、
「電話して！、なんでできないの！早くしろよ！」
と、どこかに電車が遅延していることを電話させようとしていました。
（会社にかな？だったら自分で電話してほしいですけど、、、(笑)）
話の最後には、
「録音したから！もうこれ連絡するから！はい、じゃーね、ハイ」
と駅員さんを責めるような言葉を言い捨てて、さっさと帰っていきました。
ぜったい思っちゃいけないと思いますが、私にとって初めてのどきゅんな人だったので、不謹慎ですが好奇心がわいてずっと見てしまっていました(笑)
顔見えたけど、”どこか自信満々で言ってやったぞ”、みたいな顔をしていました。公の場所で文句言ったりどなったり、（後はネットとかも同じなのかな）する人は本当に自分が正しいと思ってるんだなと思った今日この頃。
駅員さんすごい困っている様子で、さらに「録音したから！」なんて捨て台詞言われて報われないと思うので、ここに書き留めておきます。
以上！
学会で遠出するために止まった宿での出来事（ちょっとした愚痴）
朝食がバイキングであったため、自分で好きにとるのだが、宿泊客みんな順番に起きてくるため自動的に料理が並んでいるテーブルに沿って人が並んでいた。私もその列に入った。バイキングの列に並んで一番気になっていたのが、後ろに並んでいたおじさんが独り言をぶつぶつ言っていたことである。なに行っているか聞き取れなかったけど、なんか私に向かって言ってるような雰囲気。一番最初においてあるのがご飯であったため、ご飯をよそったが、その時、朝寝ぼけていたということとそのホテルの勝手がわからず、ご飯のジャーを閉め忘れてしまった（←これは私が悪い）。そしたら後ろに並んでいたおじさんから独り言のように且つ嫌味っぽくぼそっと「しめなきゃ。」と、言われた。嫌な気分になった(笑)。まずこっちの言い分として、慣れないホテルで、慣れない場所での食事の勝手がわからなかったから、ご飯をよそった後蓋を閉め忘れてしまったのは悪かったけど、嫌味っぽく言わなくてもいいと思う。閉めるべきだと思ったら、おじさんが黙って自分でとじればいいし、いうんだったら直接私に行ってほしい。独り言を言われた後は、ドレッシングやソースのふたを開いてても全て閉めた。その後おじさんの独り言はなくなった。
今日の日記（修士１年の記録）
コロナの変異株もどんどん出てきて、大変な世の中になっています。ワクチンも大体の人は一回目は打ったと思います（確かそうだよね）。私も、先週モデルナを打ちました。打たしてもらう際、お医者さんから「待望の第一回だね！」なんて笑わせてもらいました。案外接種会場のお医者さんはフレンドリーなんだなー(笑)
こんにちは
久しぶりに書いてみました。
なんか、研究やら授業やらゼミやらでほとんど時間に余裕がなかったです。その影響でブログ書く時間があまりありませんでした。
...ほんとですよ！
いやー、大学院の研究をなめていました、、、(笑)
本当に忙しくて、私の研究はある生物の遺伝子の違いについて調べているんですけど、その遺伝子を取るのが大変で、まずDNA抽出がなかなかいい濃度で取れなくてそして、、、
とにかく大変でした、、、。
今の悩みが、就職どうしようか。なんですけど、仕事って皆さんどうやって探しているんですかね？
なんか私は、やりたいことが何なのか正直言ってわかりません。大学院には研究をしたいな、って考えて進学したんですけど、本当に研究したいのかと言われるとなんかわからないんです。しかも、
まだインターンすら決まってません....
どうしよ、どうしよ！っていう気持ちです。
とにかくオンラインの説明会や、インターンに応募はしてみるんですけど、すべて落ちてしまいました。（自分の気持ちがふわふわしているからかな？）
もうちょっと自分の軸をはっきりさせたいですね。
これ読んでくれた方、ちょっとでもいいですから、自分の状況とか今の私の状況の打開策教えてくれたらうれしいです、、、
【悲報】イラスト成長記録が早速止まった
とうとう始まっちゃいましたね♪
今日から新年度の生活が始まったという人が多いのではないでしょうか？
（社会人は、もう一日から始まっている人も多いかな？）
私は久しぶりに大学に行ったのですが、相変わらずの雰囲気でした。
いろんな建物がそびえたって、外では学生があるいていて...いつも通りの感じ。
新年度の気持ちに切り替えていきたいですね。
それでは本題...
早速やってしまった。
イラストを毎日書いていくとブログで先日投稿したにも関わらず、その後2週間程度で終わっちゃった(^^;)
以前も言ったように、ブログで紹介する前からはやっていたのですが、ちょっと自分の中では早すぎたと感じています。（4か月続いたかな？）
どのように終わってしまったかというと、その日はゲームに夢中になってしまっていました（笑）
気づいたら23時59分になっていて、とにかく何かあげなきゃ毎日が途切れちゃうと思って、適当にあげようともしましたが、間に合わず...。無事終了
（適当なものあげたら練習の意味なくなるし）
ずっと毎日描いていたため、出し遅れた瞬間全身の力が抜けてしまいました。
（これで今までの努力が水の泡かぁ）
よく体に染みつくまで習慣化していると、毎日やることが苦にならなくなり、それが理想の勉強法？みたいなことを聞きますが、まさにその段階に入りかけていたのかもしれません
（ほんともったいないことをしてしまったなと思っています(;_;)）
これからどうしようかな。
もう一回始めるかは、もうすこしかんがえてみようと思います。
本当にもったいないことしちゃったな。
