Popartでハプロタイプネットワークを作成する方法

Popartで、ハプロタイプネットワークの作成方法

Popartでハプロタイプネットワークの作り方

元論文は

Leigh JW, Bryant D. 2015. POPART: full-feature software for haplotype network construction. Methods Ecol Evol. 6(9):1110-1116.

1,　DnaSPでnexusファイルを作成

　DnaSPはDnaSP (ub.edu)からダウンロードできる。メールアドレスとか名前とか所属を入れないとダウンロードできないみたい

　"File"で"Option for Saving (NEXUS Format...)"を選択し、Symbolsの中のUse Matching Symbolの左隣のチェックマークを外す。（これで、ハプロタイプの同じ配列がどっとで表されなくなる）

　DnaSPで"File"から"Open deta file"でfastaファイルを開いて、"Generate"で"Haplotype deta File..."でハプロタイプを調べる。

　保存はどうするか聞かれるので、ファイル名を決めて保存する。

2,　nexusファイルに以下の行列を書き込む

BEGIN TRAITS;

Dimensions NTRAITS=4;

Format labels=yes missing=? separator=Comma;

TraitLabels name1 name2 name3 name4;

Matrix

Hap_1 1 , 0 , 0 , 0

Hap_2 4 , 7 , 6 , 7

Hap_3 1 , 0 , 0 , 0

Hap_4 1 , 2 , 0 , 0

;

END;

　赤文字の部分を自分に合ったデータに変更すれば良い

3,　Popartで開く

　NEXUSファイルがアルファベットのフォルダに保存されていないと開けない。

　　例）〇

　　　home

　　　↳document

　　　　↳Popart

　　　　　↳NEXUSファイル

　　　home

　　　↳document

　　　　　↳NEXUSファイル

4,　network→minimum spinning Networkを選択

5,　0で設定しOK

6,　完成

ここ自分でど忘れしそうだなって思ったら、また追記します！